Футбольная команда из этого городка Сумской области была основана в феврале 1980 года по инициативе администрации нефтегазодобывающего управления (НГДУ «Ахтырканефтегаз») при поддержке АО «Укрнефть». «Нефтяник» сумел за короткий период пройти путь от любительского коллектива до команды мастеров. Уже в год создания новички победили во 2-й лиге областного первенства. В следующем сезоне «нефтяники» стали серебряными призерами чемпионата Сумщины, финалистами Кубка области и заняли второе место в первенстве республиканского совета «Авангард». В 1982-1984 гг. команда трижды завоевывает Кубок области.

В 1982 году футболисты «Нефтяника» стартуют в первенстве Украины среди команд коллективов физкультуры (КФК), а уже в 1985 году становятся победителями этого турнира и завоевывают путевку во 2-ю лигу первенства СССР. В сезоне 1991 года команда заняла первое место в своей зоне и завоевал звание победителей в украинской группе второй лиги. Эта победа должна была позволить «Нефтянику» выступать в первой лиге первенства Советского Союза, но команда попала сразу в высшую лигу, правда, уже первого чемпионата независимой Украины. Впрочем, в элитном дивизионе команда продержалась недолго — ахтырчане в своей десятикомандной группе заняли 8-е место и покинули элиту. Не последнюю роль в этом сыграла и структура весеннего сокращенного чемпионата.

В течение восьми лет «Нефтяник» хотел доказать свое право на возвращение в группу сильнейших команд Украины, но каждый раз ему чего-то не хватало. Все эти годы команда была на ведущих ролях в 1-й лиге, лишь однажды (в сезоне 1999/2000) оступившись и отправившись на год постигать мудрости футбольной науки на самом дне украинского футбола. Но только на год. Во 2-й лиге команда не имела себе равных, о чем свидетельствует солидный отрыв от второго места в групповом турнире — 16 очков.

Уверенно преодолев в 10-м чемпионате второлиговый барьер, «Нефтяник» в следующем первенстве почти весь сезон вел борьбу за одну из двух путевок в элитный дивизион. Но задачу выхода в высшую лигу команда не выполнила. Мечта возвратиться в элиту украинского футбола не покидала команду на протяжении четырнадцати сезонов, и вот оно — свершилось! 16-й чемпионат (2006-2007 гг.) стал для «Нефтяника-Укрнефти» золотым: команда за 5 туров до конца первенства добыла в борьбе путевку в высшую лигу Украины, опередив на 3 очка «Закарпатье» и на 10 — киевских «пивоваров» (а за 2 тура до финиша — золотые медали и звания мастеров спорта Украины). Большая заслуга в этом — наставника команды, хорошо известного севастопольским болельщикам Сергея Шевченко, который тренировал ахтырчан с 2001 года. Он был с командой в самые худшие моменты ее существования, когда в 2005 г. ахтырчане из-за прекращения финансирования были буквально на волоске от исчезновения. Именно тренер сумел сохранить костяк коллектива, чтобы через пару лет вывести команду в элиту.

Сезон в элите украинского футбола для «Нефтяника-Укрнефть» начался — хуже не придумаешь. В первых шести матчах ахтырчане проиграли с общим счетом 0:12 и лишь в 7 туре забили первый гол, добыв первое очко в выездном матче со львовскими «Карпатами». Тут стоит отметить, что тренерская доля нелегка — после неудачного старта в высшей лиге Шевченко был уволен. Смены на тренерском мостике (Виктор Ищенко, а затем Валерий Городов) результата не дали: «Нефтяник-Укрнефть» по итогам чемпионата в турнирной таблице расположился на предпоследнем месте и опустился в первый дивизион. Вернувшись в 1-ю лигу, клуб стал середняком турнира, не имея особых шансов на возвращение в элиту.