Футбольный клуб «Полтава» был основан 25 июня 2007 года решением сессии Полтавского городского совета. Команда создана под патронатом тогдашнего мэра города Андрея Матковского и Леонида Соболева, который стал главным спонсором и президентом клуба. В конце 2011 года Полтавский горсовет по согласованию вышел из состава учредителей.

Одной из приоритетных задач клуба на начальном этапе являлась подготовка футболистов для команд первой и высшей лиг. Клуб имеет договор о сотрудничестве с футбольной ДЮСШ имени И.И. Горпынко городского отдела образования.

Домашние матчи «Полтава» проводит на стадионе «Локомотив», который находится в старинном районе города – на Подоле. Стадион был полностью реконструирован (2500 индивидуальных пластиковых кресел, в 2008 году введена в эксплуатацию VIP-трибуна для почетных гостей). Также футбольный клуб «Полтава», под руководством своего президента Леонида Давидовича Соболева, строит современную спортивную базу с гостиницей, саунами, тренажерными залами и, конечно, футбольными полями

С 2007 года клуб выступал в группе «Б» второй лиги. Если в первом своём сезоне «Полтава» не входила в число лидеров группы, то в последующие годы команда постоянно боролась за победу в турнире. Несколько лет подряд полтавчане были близки, но не хватало буквально чуть-чуть. Сезон 2008/2009 – 2-е место и стыковой матч за выход в 1-ю лигу, в котором полтавчане минимально уступают белоцерковскому «Арсеналу». Затем первенство 2009/2010 – 3-е место, в чемпионате 2010/2011 – вновь вторые. И снова поражение в матче плей-офф, теперь от ПФК «Сумы». Дабы больше не искушать судьбу в сезоне 2011/2012 была поставлена задача: первое место и выход в первую лигу. Что и было выполнено. И в сезоне 2012/13 годов «Полтава», наконец, дебютировала в первой лиге.

Несмотря на молодость ФК «Полтава» имеет свой фарм-клуб – команду «Полтава-2–Карловка», которая вместе с кременчугским «Кремнем» и «Горняком-Спорт» из Комсомольска защищает честь Полтавщины в группе «Б» второй лиги.

Дебют в первой лиге получился довольно приличным: на зимние каникулы команда ушла, находясь на 10-й строчке в турнирной таблице, одержав 7 побед, сыграв 7 раз вничью, и потерпев 7 поражений. ФК «Полтава» забила 28 мячей – столько же, сколько «Александрия» и «Зирка» (больше было лишь у «Стали» – 35 и «Севастополя» – 48), но правда и пропустила всего 23. Результативность «Полтавы», в первую очередь, заслуга гармонично влившегося в игру команды арендованного у «Говерлы» Руслана Ивашко, ставшего одним из лучших снайперов полугодия со своими 10-ю голами.

Зимой «Полтаву» покинули опытнейший вратарь Всеволод Романенко, защитники Александр Обревко, Иван Кучеренко, Виталий Момот и Александр Полуницкий, а также полузащитники Артем Бессалов, Денис Скепский, Руслан Бидненко и Андрей Сагайдак.

Позицию №1 занял Максим Лавренюк, пришедший из «Ворсклы». Оборону (наиболее проблемное место команды в осенних играх) призваны укрепить Вадим Антипов, пришедший из днепродзержинской «Стали», Андрей Конюшенко (последний клуб – «Оболонь») и Евгений Лозинский («Заря»). На замену Скепскому был подписан некогда перспективный, но так и не сумевший заявить о себе во весь голос в московском «Спартаке» и киевском «Арсенале» Егор Лугачев, а из «Говерлы» в среднюю линию полтавчан прибыл Владислав Микуляк. Кроме того, ФК «Полтава» укрепил свои ряды полузащитником Андреем Деркачом, который в последнее время защищал цвета молдавского «Зимбру», и нападающим Дмитрием Воробьем, минувшую осень проведший в «Оболони». Но главное – «Полтаве» удалось вернуть в свои ряды лучшего бомбардира команды Руслана Ивашко, который зимой прошел сборы с «Говерлой», но не сумел убедить тренерский штаб ужгородского клуба в своей надобности.

Весеннюю часть чемпионата полтавчане начали с технической победы над «Оболонью» и домашней – над «Звездой» (1:0). Потом было минимальное поражение в Одессе… И началась серия из пяти ничьих: дома с «Динамо-2» (1:1), в Ахтырке (2:2), дома с белоцерковским «Арсеналом» (0:0), в Николаеве (0:0). И в последнем туре снова – дома с «Крымтеплицей» (1:1).

Эти-то ничьи и опустили самую миролюбивую (наравне с «Гелиосом» – по 12) команду чемпионата на 13-ю строчку в турнирной таблице.