Клуб основан предпринимателем Александром Васильевым в 1999 году в посёлке Молодёжное, Симферопольского района. Название клубу дали — «Крымтеплица», по имени генерального спонсора. Само же СООО «Крымтеплица» занимается производством и реализацией овощной продукции, также грибов, имеет развитую структуру по производству зерновых культур.

Команда начала выступления в чемпионате Крыма и чемпионате Украины среди сельских команд. Под руководством Александра Шудрика в 2000 году и 2001 году команда стала чемпионом Украины среди сельских команд. В 2001 году команда завоевала бронзовые медали чемпионата Крыма, уступив только командам «Саки» и симферопольской «Даники».

В 2002 году команда стала победителем чемпионата Крыма. В зимнем турнире Кубка памяти Виктора Юрковского «Крымтеплица» стала — финалистом турнира. Причем команда являлась любительским коллективом.

В 2003 году команда подала заявку на участие во Вторую лигу Украины. Главным тренером стал Олег Лутков. Первый матч во Второй лиге состоялся 26 июля 2003 года против команды «Севастополь». По итогам сезона 2003/04 команда заняла 3-е место, уступив лишь клубам — «Электрометаллург-НЗФ» и «Динамо».

В сезоне 2004/05 «Крымтеплица» установила своеобразный рекорд — 34 беспроигрышных матча. По итогам сезона команда досрочно обеспечила себе путевку в Первую лигу с первого места. Лучшим бомбардиром команды стал Максим Кривовязый, он забил 9 мячей.

Вскоре после начала сезона 2004/05 происходит смена тренерского состава, исполняющим обязанности главного тренера стал Анвар Сулейманов. В сентябре 2005 года в домашнем матче Кубка Украины против донецкого «Шахтёра», «тепличники» первыми открыли счёт, гол на счету Романа Войнаровского. Во втором тайме «горняки» забили три гола и «Крымтеплица» проиграла со счётом (1:3) и вылетела из Кубка на стадии 1/16 финала. Позже команду возглавил россиянин Вячеслав Комаров, но он в декабре 2005 года попал в ДТП, на отдыхе в Москве, он повредил шейные позвонки и после находился в реанимации. Тогда главным тренером стал Олег Федорчук, который до этого тренировал симферопольскую «Таврию». В зимние межсезонье команда проводила один из сборов в Турции. По итогам сезона команда заняла девятое место.

Первую часть 16-го чемпионата окончила на 4-ой строчке. После зимнего перерыва клуб из Молодёжного не сбавлял оборотов в погоне за бронзовыми медалями, которые, достались киевской «Оболони». На протяжении второй части чемпионата команда неизменно находилась на 4-ом месте. По итогам сезона 2006/07 «Крымтеплица» с 70-очковым багажом обосновалась на 4-ом месте.

В матче против «Феникса-Ильичевца» полузащитник Роман Войнаровский забил один из самых быстрых голов в истории футбола на 3,5 секунде.

Зимой 2008 команда подписала первого легионера в истории им стал ивуарийский форвард Сулейман Диаби.