В 2006 году по инициативе Юрия Горобца, владельца одной из крупнейших в Украине мебельных фабрик, в Белой Церкви был создан футбольный клуб «Арсенал».

Поначалу «Арсенал» попробовал силы в чемпионате Киевской области, где в дебютном сезоне – 2006 сразу же занял первое место. После успеха на областном уровне руководством клуба было принято решение о повышении в классе, и в следующем, 2007 году, «красно-белые» дебютируют в качестве профессионального футбольного клуба во второй лиге.

Несмотря на то, что в дебютном сезоне у «канониров», как и у другой белоцерковской профессиональной команды – «Рось», возникли проблемы со стадионом (местная арена «Трудовые резервы» стала на долгосрочную реконструкцию) и соперников пришлось принимать в соседнем Обухове, они финишировали на 7-й позиции.

Сезон-2008/09 стал лучшим в истории молодого коллектива. Ещё осенью канониры вышли в число ведущих команд и на зимний перерыв ушли на 4-й позиции с десятиочковым отставанием от лидирующего черкасского «Днепра». Также в этот же период произошла рокировка на тренерском мостике и Олега Надуду сменил известный по работе в киевской «Оболони» тренер Игорь Артымович.

Оказалось – повезло! Весной, когда сошел с дистанции черкасский «Днепр», канониры сумели ввязаться в борьбу тернопольской и винницкой «Нив», и в итоге закончили дистанцию вторыми, отстав на 4 очка от тернополян, и на 6 очков, опередив винницкую команду.
Дальше – больше. По причине снятия с соревнований симферопольского «ИгроСервиса» (еще раз повезло), который выступал в первой лиге, был назначен стыковой матч между «Арсеналом» и ФК «Полтава», которые стали вторыми в своих группах второй лиги. Пока другие коллективы проводили сборы, спарринги и наигрывали состав «Арсенал» готовился к переходному матчу с полтавчанами, в котором со счетом 1:0 выиграли «канониры», и стартовали в сезоне 2009/2010 в первой лиге Украины.